El planeta Krypton se desestabiliza debido a la extracción de minerales de su núcleo. Justo antes de que el planeta explote, el consejero jefe del consejo supremo de Krypton, Jor-El, infunde el códice genético en su hijo pequeño, Kal-El, el primer niño kryptoniano nacido de forma natural en siglos. Jor-El logra enviar a Kal-El en una nave espacial hacia la Tierra antes de ser asesinado por el General Zod durante un levantamiento. Kal-El aterriza en Kansas, donde es adoptado por Jonathan y Martha Kent y lo llaman Clark. A medida que crece, desarrolla poderes sobrehumanos que Jonathan le insta a mantener ocultos, incluso rechazando la ayuda de Clark años después durante un incidente de tornado donde pierde la vida. Cargado de culpa por la muerte de Jonathan, Clark viaja por el mundo ocultándose bajo varios alias en busca de un propósito en la vida.

La reportera del Daily Planet, Lois Lane, recibe una misión para investigar el descubrimiento de una nave exploradora kriptoniana en el Ártico canadiense. Clark entra en la nave disfrazado de trabajador y se entera por su inteligencia artificial (IA), inspirada en su padre Jor-El, que Clark fue enviado a la Tierra para guiar a su gente. Mientras sigue a Clark, Lois activa inadvertidamente el sistema de seguridad de la nave y él usa sus poderes para rescatar a Lois de sus defensas. Lleva un uniforme proporcionado por la IA de la nave y comienza a probar sus habilidades de vuelo. Incapaz de convencer al supervisor Perry White de publicar un artículo sobre el incidente, Lois rastrea a Clark en Smallville, con la intención de exponerlo. Sin embargo, Lois abandona la historia al enterarse del sacrificio de Jonathan Kent, manteniendo a salvo la identidad de Clark pero alimentando las sospechas de Perry.

Zod y su tripulación escapan de la Zona Fantasma, donde fueron encarcelados por traición por sus acciones contra Krypton. Viajan a la Tierra para convertirla en un nuevo Kriptón, y poseen varios dispositivos de terraformación rescatados de los puestos de avanzada kriptonianos. Tras la captura de Clark y Lois, el oficial científico de Zod, Jax-Ur, extrae los genes de Clark para crear colonos kriptonianos que construirán una sociedad basada en los ideales de pureza genética de Zod. Utilizando la IA de Jor-El para apoderarse de la nave, Clark y Lois huyen y advierten al ejército estadounidense del plan de Zod, lo que resulta en una confrontación explosiva entre Clark y las tropas de Zod.